Ich habe im Team nachgefragt und in RTC zu schreiben ist wohl aus Flatpak einfach nicht möglich.
Wenn du das haben möchtest, weil dein obiger Weg nicht klappt, dann musst du Kodi halt kompilieren.
IMHO könnte man aber auch das Addon so anpassen, dass es shutdown.sh via flatpak-spawn --host aufruft. Die Sandbox müsste dazu natürlich entsprechend 'aufgebohrt' werden: flatpak override tv.kodi.Kodi --talk-name=org.freedesktop.Flatpak