So, für die, welche es interessiert: Ich habe das Problem gefunden.
Es liegt an der Einstellung "Ausgabekonfiguration" in den Audio-Einstellungen von Kodi. Ich hatte dort die Einstellung "Beste Übereinstimmung" gewählt, was auch die aktuelle Empfehlung ist. Bei jedem Wiedergabestart wird die Ausgabe geprüft und angepasst. Das hat bei einer Bluray mit einem Hauptfilm aus mehreren Segmenten dazu geführt, dass es kurze Aussetzer beim Segmentwechsel gegeben hat. Mit der Einstellung "Optimiert" wird nur einmalig die Ausgabe geprüft und nicht mehr während der laufenden Wiedergabe angepasst. Damit sind nun die Aussetzer weg.