Falls es jemanden interessiert: Habe gleich ein Tool gefunden, welches die Dateiumbennung mehrerer Dateien vollzieht.
Vor allem mit einer "Replace this" "by that" Funktion, die in meinem Fall abhilft.
Es schein wirklich so zu sein, als müsse zwingend "S01E01" dastehen. Wie auch in dem HowTo. Jedoch gibt es halt Probleme, wenn in einem Ordner viele Serien-Ordner sind und einige richtig formatiert und einige falsch formatiert sind. Dann erkennt XBMC auch nicht alle korrekten Dateien. Zumindest bei mir.
Vielen Dank für Eure Hilfe. Ich werde mich mal an die Arbeit machen.