Der Vollständigkeit halber schreibe ich die Lösung mal dazu. Wildes Herumprobieren führte schließlich zur Lösung - das Metafile muss als erstes gennant werden und es müssen beide Inputfiles als Datenquelle für Metadaten aufgeführt werden:
Code
ffmpeg -loglevel level+verbose -i in.ffmeta -i in.mkv -map_metadata 0 -map_metadata 1 -codec copy -y out.mkv
Problem gelöst!