Kurzes Feedback:
Ein wenig Recherche im Netz (und viel Geduld und Experimentierfreude) brachten erfreuliche Ergebnisse.
Ich habe mich für die Beibehaltung der Video_ts Ordner entschieden.
Für das Zusammenführen "einfacher" DVDs ohne riesig Extras eignet sich DVD Shrink sehr gut. Dazu den Re-Author/Zusammenstellungsmodus wählen, beide Filme in die Zusammenstellung ziehen, fertig. Hat mir allerdings bei Schandmaul die Lieder durcheinander gehauen
Eine andere Methode, die ich gefunden habe wäre das de-/und remuxen mittels VOBEdit und IFOEdit. Beides mächtige Tools, wenn man Lust und Zeit hat, sich damit auseinander zu setzen.
Mein Tool der Wahl ist allerdings DvdReMake. Fügt ganz einfach 2 DVDs zusammen und schaltet ein (defaultmäßig recht simples) Menü vor. Editieren von Menüs und Kapiteln, entfernen von Frames, Szenen, Logos oder Buttons ohne viel Einarbeitungszeit möglich. Einzig die Demoversion ist ziemlich beschnitten in ihrer Funktionalität (siehe hier)
Hoffe, das hilft dem einen oder anderen.