Der Tipp mit den durch Smart Rendering defekten Files war absolut richtig. Ich konnte die betreffenden Filme z.B. in AviDemux gar nicht öffnen, beim Versuch gab es ein grün gestreiftes Fenster, mehr nicht.
Ich habe die Dateien deshalb mit VirtualDub zum ersten Keyframe sauber geschnitten, jetzt laufen alle diese Filme einwandfrei.
Danke nochmal für die Tipps!
MfG
brembo.