Ohne mir die ganze Thematik jetzt genau angeschaut zu haben, würde ich einfach einen symbolischen Link setzen.
siehe mein Beitrag oben (Kommentar 3):
...
Probiert habe ich bis jetzt:
1) einen symbolischen Link von /usr/bin/ffmpeg auf /storage/.kodi/addons/tools.ffmpeg-tools/bin/ffmpeg (nicht erfolgreich, da /usr/bin readonly ist)