Die Verzeichnisebene ist zu tief gestaffelt.
Kann ich auch nicht bestätigen. Meine Verzeichnisebene sieht genauso aus.
Filme
------A
--------Avatar
----------------Avatar.mkv
------B
-------Bad Boys
-----------------Bad Boys.mkv
etc.
Ich habe auch den Mediaelch vor Monaten mal testweise benutzt, aber hatte bei Serien auch Probleme, irgendwie wurde die Serien ID nicht korrekt in die Nfo geschrieben und das hatte Probleme zur Folge. Allerdings nicht so wie hier.
Dennoch nutze ich hauptsächlich seit Jahren schon den Ember Media Manager (aktuell in der Beta 1.4.7.2) und habe seitdem definitiv keine Probleme mehr.
Also die Verzeichnisstruktur kannst du auf jeden Fall beibehalten.
Woran allerdings deine dreifach Einträge kommen, kann ich dir leider auch nicht wirklich sagen. Lösch von den betroffenen Filmen/Serien mal die Nfo Dateien und entferne sie manuell aus Kodi (Kontextmenü/Verwalte/Entfernen) und erstelle dann mit Mediaelch oder Ember die Nfos neu.
Vielleicht hilft das