Hatte auch das Problem mit Libreelec 7.x/8.x / RPi3 und Ton weg bei laufendem Video (BT Kopfhörer waren aber noh gekoppelt).
Hab mich dafür entschieden das interne Bluetooth via config.txt zu deaktivieren und ein
"Cambridge Silicon Radio, Ltd Bluetooth Dongle (HCI mode)" Stick zu benutzen.
Läuft einwandfrei! Mit LibreElec 8.0.2 MR sogar jetzt auch mit der Kopfhörersteuerung (play/pause).
Schöner Nebeneffekt ist die größere Reichweite mit meinen Kopfhörern!Deaktivieren des internen BT Controllers:
(...)
Habe mal deine Anleitung umgesetzt und zumindest das Umschalten auf BT funktioniert tadellos. 
Nur wenn ich den Kopfhörer ausschalte, wird leider nicht das hdmi-profil geladen, sondern er bleibt auf dem BT-Profil stehen.
Muss ich in der "99-btautoconnect.rules" noch die MAC-Adresse des HDMI-Ports eintragen? Oder bleibt dort 00:00:00:00:00:00 stehen? Wenn ich die Adresse dort eintragen muss...wo finde ich diese? 
Danke für Infos.