Also ich hab ne ähnliche Konfig wie du, nur läuft bei mir XBMC auf Mon 1. Prinzipiell eig nur wegen den Computergames, da die immer im Hauptbildschirm starten (also ich ruf die praktisch per Adv. Launcher auf...).
Bei mir ists halt so, wenn ich auf Monitor 2 arbeite (Desktop erweitert natürlich), dann geht der Fokus von XBMC weg, d.h. die Windows Taskleiste wird unter XBMC angezeigt. Das ist zwar nicht schön, jedoch stört es meine Freundin nicht und ich arbeite ja auch nicht ständig am PC...
Evtl. könntest du mal unter Win7 die aufwändigen Grafikfeatures wie Durchsichtige Leisten etc. deaktivieren. Ich könnte mir gut vorstellen, dass deine Onboard damit überfordert ist:
XBMC, 2 Desktops und Windowsumgebung als Fokus...
(ich habe 2 Grafikkarten für den Zweck und die eine is ne High-End Karte!)