Warum MKV merge? Nutze doch das Hauptprogramm davon: MKVToolNix. Dort den forced sub markieren, rechts dann Standardspurschalter: ja und den Anzeige erzwingen-Schalter: ja.
In Kodi hast es ja richtig eingestellt. Bei mir werden die nach wie vor dann angezeigt.
Gruß´Gz