Auch wenn ich ein bissl spät bin:
Fall 1: 2 Folgen in einer Datei - gelistet aber einzeln
Lösung zu 1: Datei benennen S1E01E02 usw. wenn es mehr als 2 folgen sind
Fall 2: jeweils 1 Datei pro Folge - gelistet wird aber in Doppelfolge
Lösung zu 2: E01 und E02 bekommen den Index S01E01 und am Ende der Datei schreibt man CD1 und CD2 hin
Serie x _ S01E01 _ blablabla.mkv wird Serie x _ S01E01 _ blablabla _ CD1.mkv
Serie x _ S01E02 _ blablabla.mkv wird Serie x _ S01E01 _ blablabla _ CD2.mkv