Hey,
das Problem ist schonmal angesprochen worden und bei Synocommunity hatte sich mal jemand drangesetzt und versucht Kodi ohne Oberfläche für die Diskstation zu bauen. Ist aber leider irgendwann gescheitert weil zu viele Abhängigkeiten zu anderen Libs da waren.
Wenn du eine neuere DS mit Intel-Chip hast die Docker unterstützt kannst du darüber was machen. Es gibt ein Image das ein Kodi ohne Oberfläche im Container abbildet. Da meine DS allerdings keinen Intel-Chip hat hab ich das nicht getestet.
Die Lösung die ich persönlich nutze ist eine weitere, schlanke Installation von Kodi auf dem Rechner der auch MediaElch benutzt. In MediaElch dann nur die lokale Installation angeben. Man muss halt dran denken vor dem Bearbeiten eben Kodi zu starten und in die Leiste zu klicken.