Nach etwas Recherche im Emby Forum habe ich den Tip entdeckt die /var/lib/emby-server/data/library.db Datei zu löschen.
Hat bei mir aber erst nach den zweiten löschen der Datei geklappt und zwar müssen alle Verzeichnisse die man einbinden möchte schon angelegt sein und dann die library.db Datei löschen und den Emby Server wieder neu starten.
Vielleicht hilft es jemand der das gleiche Problem hat. Laut den Forum ist dieses Verhalten bekannt und soll in diesen Jahr noch gefixt werden.
MfG
Leon