In den Einstellungen vom artwork downloader findest Du unter 'Advanced' den Eintrag 'Overwrite all existing artwork(will be automaticly disabled after downloading)'
Damit sollte alles nochmals runtergeladen werden und falls vorhanden, dann überschrieben. Dadurch werden auch die Einträge in der Datenbank neu geschrieben.
Wenn nur der Thumbnail Ordner gelöscht wurde und die Grafiken selbst noch vorhanden sind, dann lösch einfach die Texture13.db und starte Kodi neu.
Dann werden alle Thumbs von den vorhandenen Grafiken neu generiert.