Habe ich gemacht...
nochmal....
.kodi Ordner sichern, ggf. auch .config mitnehmen und dann bei Bedarf eine Neutinstallation machen und die dann erstellten Ordner mit den Gesicherten überschreiben. Fertig. Nichts anderes würde die Backup-Funktion von LibreELEC machen und damit ist auch alles gesichert, was unter LibreELEC irgendwie relevant wäre. Inklusive TVHeadend, aller Einstellungen und sonstiger installierter Add-ons.
Man kann natürlich auch versuchen einen kompletten Snapshot der Disk zu machen, auf der du LE installiert hast. Meiner Meinung nach ist es aber den Aufwand nicht wert, da eine Neuinstallation mit dem entsprechenden Überschreiben der Ordner fast schneller gemacht ist, als den Snapshot zurück zu spielen und zu beten, dass dabei alles glatt läuft 
dd eignet sich für sowas sehr gut, wenn man weiß, wie man mit umzugehen hat.
Was ist denn auf der Platte noch drauf außer LibreELEC mit Kodi, was sich ggf. nicht im .kodi Ordner befinden würde?