Ich würde mich hier auch gern anschließen (habe ein ASRock Q1900B-ITX verbaut). Mein HTPC hängt per HDMI an einem Denon Verstärker (Denon AVR-1900).
Das Setup habe ich vorher mit Kodi unter Raspbian betrieben, da hatte ich keinerlei Aussetzer (allerdings auch noch mit Kodi 15.2). Jetzt betreibe ich Kodi 16.1 unter Ubuntu Server 16.04. LTS.
Symptomatik die gleiche, Tonaussetzer bei Filmen/Serien/Live-TV aber Musik läuft alles flüssig.
Habe bereits versucht Passthrough zu (de)aktivieren, beide Varianten haben nichts gebracht.
Die "Wiedergabe an Bildschirm anpassen"-Option ist bereits deaktiviert.
Was mir noch auffällt ist, dass sobald ich eine andere Audiospur auswähle der Ton sofort weiterläuft. Zumindest bis er das nächste Mal aussetzt :p
Eventuell hat ja noch jemand einen klugen Tipp parat?