Du kannst auch spasseshalber die Datei mal remuxen.
Dazu MKVMERGE starten und die Datein einfach per Drag and Drop reinziehen und start drücken.
Ob das was bringt, kann ich nicht sagen, aber ohne Sample kann ich auch keinen Test bei mir machen.
Bei meinem Linux ( kubuntu 14.04 ) gibt es kein MKVMERGE. Ich versuche mal etwas ähnliches zu finden.