Kodi nutzt für das abspielen/decodieren von Videos im allgemeinen FFmpeg und libavformat. 3D MVC ist in beiden noch nicht eingebaut. Sobald FFmpeg 3D MVC unterstützt kann auch Kodi damit umgehen.
Bis dahin kannst du aber die 3D Isos über externe Player wie TMT (Total Media Theatre) oder PowerDVD anschauen. Hierzu brauchst du aber Skripte. Entweder du suchst hier im Forum nach einer passenden Anleitung, oder aber Goolge kann dir an der Stelle sehr gut weiterhelfen.
MfG
cyberc
PS: Sollte ich etwas vergessen haben zu erwähnen, so bitte ich dies zu ergänzen, bzw. mich zu verbessern, danke