Ein so ähnliches Problem hatte ich auch mit dem Controller.
Nach jedem Reboot waren immer 2 Festplatten offline. Selbst wenn man diese unteranander tauscht, waren immer die gleichen Ports offline. MIt den Festplatten hatte es also nichts zu tun gehabt.
Ich habe mich ca. 1 Woche gequellt und dann das Teil zurückgesendet.