Wenn du Passthrough nutzt (Was ja bei einem AVR auch Sinn macht) hat Kodi damit nichts zutun.
Du musst deinen AVR enstprechend einstellen das er ein Upmixing auf 5.1 z.B. macht.
Und auf der Shield das Dolby Processing abschalten. Du willst ja nicht das die Shield deinem AVR dazwischen funkt. Er kann es besser.
Ich selbst habe auch einen Onkyo TX-SR494 und alles funktioniert einwandfrei.
AC3 2.0 / AC 5.1 mixt er auf 5.1.2 hoch.
Atmos / DTS - X spielt er eben ab wie es ist.