Dann wird es vermutlich am fehlenden Set-Tag gelegen haben. Grundsätzlich funktioniert das Anlegen der Sets mit Ember und XBMC liest die lokalen Daten auch problemlos ein. Das heißt, bei Unklarheiten einfach die .nfo überprüfen und die Set-Tags eintragen. Evtl. hattest Du auch einfach vergessen, manche Filme dem Set zuzuordnen in Ember!? Ist mir am Anfang bei größeren Sets auch schon mal passiert.
Wenn Du in XBMC beim Hinzufügen der Quelle und Scrapen "rekursiv scannen" aktiviert hast, dürfte das mit deinen Ordnern so passen. Ich bin persönlich kein Fan von vielen Unterordnern, aber das ist Geschmackssache. Ich habe lokal die Quellen Filme, Hd-Filme, Dokus und Serien. In diesen Ordnern liegen die jeweiligen Filme in jeweils eigenen Ordnern pro Film drin und damit hatte ich noch nie Probleme.