Du formatierst in einem Fall das ganze Device (/dev/sda) und im anderen Fall die erste Partition (/dev/sda1).
Dein Effekt sagt mir, dass es neben der 1. Partition noch eine andere gibt die den restlichen Platz blockiert.
Wenn es mit /dev/sda geht ist das aber auch ok! Die Platte lässt sich genauso verwenden!
Ich habe auch einen Ubuntu-Server und habe 3TB Platten verbaut die problemlos laufen!