Immerhin - Beharrlichkeit hilft! Schön zu sehen, dass sich alles aufgeklärt hat.
Zu mergerfs: Das war ja quasi wie eine Backup-Situation. Da kann man normalerweise entspannt bleiben. Anders ist es in einer Restore-Situation. Wer mergerfs einsetzt will und muss vielleicht Platten sparen und zusammenstückeln, kann vielleicht auch nicht einfach Backup auf eine Platte/einen Plattenverbund machen, sondern Backup verteilen auf verschiedene externe Platten. Da sollte man neben Backup auch Restore gut planen. Je nach mergerfs Konfig hinterlässt ein Plattenschaden auch zerstückelte Lücken in Filesystem, die durch Restore wieder gefüllt werden müssen. Je nach Vorbereitung, Toolkenntnis, ... kann das schwierig (und langsamer als erwartet) sein. (Klar, es sind noch alle Daten da, und Komplett-Restore statt Lücken füllen ist konzeptionell/tool-technisch einfacher).
Eine (nicht die einzige) Alternative kann sein, mit symbolischen Links zu arbeiten. Von mir aus auf einer Platte ein movie Verzeichnis, darin symbolische Links auf movie Verzeichnis pro Platte. Nachteil - man muss halt hier manches planen/selbst kontrollieren wo man Dinge speichert, was mergerfs für einen machen würde. Auch Filesharing kann bisschen trickier sein, weil man spezielle Konfig für die "wide links" braucht. Zweifellos ist das auch weniger elegant als mergerfs, und nicht so flexibel. Aber ich denke für typische Kodinerds-Situation von Filme-/Serien-Sammler doch sehr gut praktikabel.
Dass Standard-Tools (die ja alle grundsätzlich POSIX normiert sind, genauso wie die Programmier-APIs die sie nutzen) falsche Werte anzeigen - hmmm. Klar, wenn man "was Verbotenes" gemacht hat. Wenn ich mit Hex-Editor direkt ein paar Bytes ändere in den Verwaltungsstrukturen des Filesystems wird es auch passieren (und vielleicht durch fsck behebbar sein). Dass es durch falsches cp passiert, ist schon überraschend (jedoch durchaus verständlich in dem mergerfs Szenario). Zeigt ja auch der Thread, dass man sich grade in ungewöhnlicher Situation/Analyse auf solche Tools verlassen will.
EDIT: Ist die Frage noch aktuell zur "echten erschöpfenden" Prüfung, dass alle Daten korrekt kopiert wurden (nicht nur Größe auch jedes Bit)? Gab ja schon paar Hinweise dazu im Thread.