Ich denke Du scheiterst gerade an Deiner Einrichtung...
Wenn Du einen separaten Ordner wie z.B. "Serien" auf Deinem NAS hast, und diesen in die Emby-Bibliothek für "Serien" aufnimmst, dann wird auch nur dieser Ordner als "Serien" gescannt und als "Serien" in die Emby-Bibliothek aufgenommen. Genauso funktioniert das auch mit Filmen und Musikvideos. Bestenfalls enthalten Deine Filme und Serien schon korrekte .nfo Dateien, dann kann man das beim Scan mit der entsprechenden Einstellung in Emby berücksichtigen lassen.
Gut möglich das Deine "Titel" nicht korrekt beim Scan als Film oder Serie erkannt werden, dann fehlen diese ggf. in der jeweiligen Bibliothek. Du solltest vielleicht nicht alles in die Emby-Bibliothek aufnehmen lassen, sondern zunächst von mir aus mit den Filmen anfangen. Der Bibliothek-Scan sollte natürlich vor diesem Vorgang jeweils konfiguriert werden! Erweiterte Einstellungen aktivieren, den Inhalt der Bibliothek "Filme oder Serien" einstellen, die Sprache/n für den Scan einstellen, ob .nfo von einem MediaManager Priorität haben sollen, die Online-Bibliotheken priorisieren, Beschaffer-Einstellungen anpassen, NFO aktivieren, FSK aktivieren wenn diese Titel entsprechend angezeigt werden sollen, einstellen wo die MetaDateien abgelegt werden sollen ->vorzugsweise im Medien-Ordner. Emby muss lese/schreib Zugriff auf die Verzeichnisse Deiner Dateien auf dem NAS haben. Filmreihen fasst Emby automatisch zusammen, die Metadaten dazu werden in einem von Emby voreingestellten/konfigurierbaren Verzeichnis abgelegt.
Wenn Du das alles entsprechend erledigt hast, funktioniert das auch wie es soll, Serien und Filme befinden sich dann auch in der entsprechenden Bibliothek wieder. Ich und andere Anwender hier, können Dir das sicher Bestätigen. Eine Sache noch, der Emby-Server transcodiert wenn das vorliegende Video-Material nicht kompatibel mit dem Abspielgerät ist. Die Performance vom dem Emby-Server sollte also entsprechend ausgelegt sein, um kein getrübtes Benutzererlebnis zu erhalten.