Unter Linux kann man ja mehrere Befehle/Skripte per && nacheinander ausführen. Da Comskip sicherlich viel länger läuft als die main.py, würde ich das Python-Skript zuerst laufen lassen:
main.py && /usr/bin/comskip --ini=/config/comskip/comskip.ini "%f"
Ich hab' aber keine Ahnung, ob das so funktioniert.