Die Ordner die er löschen möchte befunden sich im NAND aber du hast momentan nur zugriff auf deine SD Karte.
Ich habe jetzt schon 7 verschiedene Boxen fertig gemacht aber weiß nicht wo der fehler liegt denn dies kenne oder sagt mir nicht ausser das ich von Rechte Problemen ausgehe.
Mache doch mal einen USBSTICK mit einem neuen Image fertig und probiere es nochmal aber dies dann ganz sauber mit einem nicht eingerichteten Kodi. Deine momentanen Einstellungen kann man im nach hinein wieder übernehmen aber ich würde mal einen anderen Stick oder andere SD Karte mit einem anderen image nehmen.
Sonst bin ich wirklich ratlos