Du gehst zu Einstellungen -> Medien -> Datenbank -> Musik -> Datenbank bereinigen.
Eine Datenbankbereinigung entfernt aber nicht die Quelle
Dazu gehst du zu Musik->Dateien->navigerst zu dem Ordner, den du nicht brauchst->Kontext menü öffnen->Quelle entfernen
Danach wird dich Kodi fragen ob du auch die Datenbank bereinigen möchtest.
Du gehst zu Einstellungen -> Medien -> Datenbank -> Musik -> Datenbank bereinigen.
Bei mir hatt das leider das letzte Mal nicht funktioniert, ich musste die Musik-Datenbank dann über den Explorer im Netzwerk löschen, dann wäre aber im Fall von @Starship alles weg und müsste neu eingelesen werden.
Ich hatte allerdings eine USB Platte an einem Amlogic LibreELEC Playerchen hängen..Kodi hat mich aber musikalisch nicht wirklich überzeugt.
Bei mir gehts *schulterzuck*
Hast du mal versucht Inhalt festlegen und dann kein Inhalt zu nutzen?
Gesendet von meinem Redmi 4 mit Tapatalk
Dann ist die Quelle nicht richtig gelöscht.
Ja ich meinte Bibliothek 
Du nutzt ja emby... wie wärs wenn du da die quelle löscht..
Ich versteh dein Problem. Dann musst du die ganze Quelle löschen.
Oder Du verschiebst den Ordner/ oder benennst ihn um / an einen anderen Ort und machst dann einmal bereinigen.
Den ganzen root Ordner löschen? Da sind ja noch wichtige Sachen drauf 
Muss ich den wohl umbenennen.....
Das ist aber bescheiden gelöst. Dann mache ich das mal.
ansonsten Musikdatenbank komplett löschen und nur die Ordner als Quelle aufnehmen die du brauchst.
Du hättest für die gesammte Datenbank einfach die mymusic[xx].db löschen können.
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