Falls es noch jemand brauchen kann und damit es nicht verloren geht:
Auf Basis des Codes von @pacoma, der ein einfaches umwandeln ermöglicht (Übrigens wird am Ort der ursprünglichen Datei ein Ordner namens: remux erstellt und das neue dorthin verschoben), habe ich dann durch hinzufügen von Befehlen noch ein Batch-File erstellt, welches das Video umwandelt, den ersten Audiotrack als Default setzt und mit Deutsch taggt.
So sieht das aus:
Code
SET mkvmerge="F:\Video\mkvtoolnix 9.3.1\mkvmerge.exe"
PUSHD %~dp1
if [%1]==[] goto :eof
mkdir remux
:loop
%mkvmerge% -o "%~dp1\remux\%~n1.mkv" --compression 1:none --compression 2:none --default-track 1:yes --language 1:ger %1
shift
if not [%1]==[] goto loop
@grieche47
Wenn die erste Audiospur immer Deutsch und die zweite Englisch ist müsste es dann eigentlich wie folgt bei dir funktionieren:
Code
SET mkvmerge="F:\Video\mkvtoolnix 9.3.1\mkvmerge.exe"
PUSHD %~dp1
if [%1]==[] goto :eof
mkdir remux
:loop
%mkvmerge% -o "%~dp1\remux\%~n1.mkv" --compression 1:none --compression 2:none --default-track 1:yes --language 1:ger --language 2:eng %1
shift
if not [%1]==[] goto loop
Ungetestet, da ich zurzeit gerade kein passendes File zur Hand habe!
Edit: Nochmals korrigiert, sollte nun klappen