Nachdem ich ja hier nun durch lesen und suchen viel erfahren habe, möchte ich auch mal etwas produktives abgeben 
Es gibt zwar das angepinnte Thema: Logitech Harmony, der einfache Weg, aber mir reichte das nicht. Habe einiges nicht verstanden (nicht böse sein)
Warum mache ich das? Mir gab es bisher zuviele unterschiedliche Themen mit einzelnen Angaben. Ich wollte mal versuchen, alles in ein Thema zu packen. Ich hoffe, es gelingt mir. Damit hoffe ich, haben es Kodi-Neulinge etwas leichter. 
Natürlich ist das alles, was nun folgt, nicht auf meinem Mist gewachsen, habe eben aus allen Bereichen gesammelt.
Also fange ich mal an:
Meine Vorraussetzungen:
Gigabit Heimnetz mit mehreren Clients, hier alles Windows PC´s. Es läuft ein Windows 8.1 Server, welcher Filme, Musik, Bilder und natürlich TV bereit stellt. Auf dem Server ist DVBLink 6 drauf, damit wird das Signal im Netz verteilt.
Client im Wohnzimmer:
Meistens ja der Wichtigste. Bei mir seit kurzem ein Intel NUC NUC6CAYH, der hat einen IR eingebaut und Bluetooth. Zur Steuerung dient eine Harmony Ultimate inklusive HUB. Das war für mich die gößte Herausforderung 
Habe es aber hin bekommen. Das als Harmony Neuling, was die HUB-Version angeht.
Einrichtung der Harmony Ultimate mit HUB:
Zuerst in der Harmony APP am Tablet den Hub ins Netzwerk verbinden, dann die Ultimate als FB (Fernbedienung) hinzugefügt. Gepairt werden beide durch drücken der Tasten Menue und Mute, bis die APP eine Bestätigung gibt. Danach werden die Geräte eingerichtet.
TV
AVR
Kodi-PC
Wichtig war bei mir: Für den Kodi-PC habe ich zwei Geräte hinzugefügt:
1. Geräte => Windows Media Center SE
2. Computer => Windows
Dank an @DanCooper
Warum? MCE SE für IR (Infrarot)-Befehle und PC-Windows für Bluetooth. Der IR Befehl ist zum Aufwecken des PC notwendig. Bluetooth für die restliche Bedienung. Der Vorteil ist dabei: Mit dem Windows PC hat man alle Tasten einer Tastatur zur Verfügung!
Weiter mit der Einrichtung der Harmony:
Um nun Kodi einwandfrei bedienen zu können, müssen einige Tasten umprogrammiert werden, da sie nur zur Steuerung eines Windows Medicenters geeignet wären. Es sind aber nicht viele Tasten, die verändert werden müssen.
Zuerst das Display der Harmony nach Wunsch einstellen:
Das Display zeigt im Original die Touchfelder des Windows Media Center an. Ich habe diese zuerst alle! gelöscht. Dann habe ich ich die Befehle, die ich haben möchte, eingefügt.
Buchstabe:
e = Guide in Kodi, und umbenannt in Guide
k = Aufnahmen, umbenannt in Aufnahmen
i = Info, umbebnannt in Info
usw. wie man mag.
Dann die einzelnen Tasten:
Im oberen Feld habe ich nichts geändert, da die Tasten so funktionieren, wie es auch in Kodi notwendig ist. Die rote Aufnahmetaste ist bei mir ohne Funktion, da Kodi wohl keine Möglichkeit bietet, eine laufende TV-Sendung per Klick sofort aufzunehmen.
Die unteren Tasten habe ich nach meinem Bedarf angepasst.
Exit = ESC
Menu = Backslash
Pfeil nach links = Back
DVR = k für Aufnahmen
Guide = e
Info = i
VOL = nichts, läuft über den AVR
CH/Pg = noch nichts gefunden, wie ich im Live-TV die Känäle rauf und runter schalten kann.
=> Vielleicht hat hier ja noch jemand einen Hinweis, den ich gerne einpflege!
Mittleres Steuerkreuz nicht verändert, das es schon passend ist.
Unten die farbigen Tasten kann man nach Bedarf auch mit Befehlen programmieren. Ich habe eine z.B. mit ALT+F4. Damit kann ich im Notfall Kodi mal beenden, falls es hängt
Es gibt nun allerdings bei Bluetooth wohl ein Problem(Hinweis von @DanCooper, nämlich, dass es kein PowerToogle Befehl gibt. Dazu kommt, dass ich diesen NUC auch mit der FB aus dem kompletten Aus starten kann. Also sollte der auch beim Beenden komplet herunter gefahren werden. Mit der SSD ist ja ja sowieso ruckzuck wieder an.
Ich fand dann im Harmony forum einen Tipp, der bei mir voll funktioniert:
"(Windows 7)
startmenü -> ausführen -> "gpedit.msc" -> computerkonfiguration -> administrative vorlagen -> system -> energieverwaltung -> schaltflächeneinstellung -> energiespartastenaktion auswählen (netzbetrieb/akkubetrieb)
oben auf aktiviert klicken und bei optionen -> energiespartastenaktion herunterfahren auswählen"
Bei mir mit Windows 10 sieht das so aus:
Also nicht viel anders. Rechte Seite war nur nichts aktiviert, habe es dann aktiviert, Neustart. Dann die Harmony getestet:
Alles läuft nach Wunsch, da Windows nun nicht mehr den Befehl S3 kennt, sondern nur noch herunter fahren.
Ich hoffe, ich habe nichts vergessen, Schreibfehler sind absichtlich 
. Wer noch Ergänzungen hat, gerne her damit!
Mit dieser recht einfachen Konfiguration lebe ich hervorragend, da alles läuft, wie es soll!